Pierwotnie Mętków należał do parafii Wszystkich Świętych w Babicach.
Pod koniec XIX wieku zbudowano kaplicę na Dużym Mętkowie pod wezwaniem Trójcy Świętej. Wybudował ją niejaki Ganobis pochodzący zza Wisły, który miał przydomek Frysztak i prowadził sklep w Mętkowie. Kaplica została zbudowana z cegły o wymiarach 5 metrów długości i 4 metrów szerokości. W 1913 r. obraz do kaplicy ufundował Dydak Główczyk za kwotę 144 koron i 28 halerzy. Początkowo w kaplicy odbywały się nabożeństwa majowe. Dopiero w latach 60-tych XX wieku zaczęto odprawiać co drugą niedzielę Msze św. za staraniem ks. Jana Sikory ówczesnego proboszcza z Babic.
Mieszkańcy Mętkowa bardzo pragnęli mieć swój własny kościół. Jednak w czasach komunizmu zdobycie pozwolenia na budowę nowego kościoła było prawie niemożliwe. Jeden z mieszkańców znalazł informacje w prasie katolickiej, że dwa drewniane kościoły mają zostać rozebrane; jednym z nich była niegowicka świątynia. Nie było to łatwe, ale ponieważ oba były już zabytkami, władze nie chciały ich zburzyć. Po wielu staraniach uzyskano pozwolenie na przeniesienie kościoła z Niegowici do Mętkowa. Kościół został przeniesiony w latach 1972-74.
1 kwietnia 1973 r. ks. Biskup skierował do Mętkowa ks. Franciszka Skupnia celem organizowania samodzielnego ośrodka duszpasterskiego.
25 listopada 1973 r. w świątyni odprawiona została pierwsza Msza św. Konsekracji kościoła dokonał 1 maja 1974 r. dawny niegowicki wikary, a wówczas już kardynał Karol Wojtyła. W czasie ceremonii z rozrzewnieniem wspominał niegowicki kościół:
Dziękuje Wam za to, żeście mnie na tę uroczystość zaprosili. Pragnę wam powiedzieć, że jest to dla mnie przede wszystkim niezwykła uroczystość. Uświadomiłem to sobie w całej pełni, kiedy zobaczyłem ściany tego kościoła, dobrze mi znane z pierwszych lat mojego kapłaństwa, kiedy pracowałem w roku 1948 i 1949 jako wikariusz w parafii niegowickiej. Tam zżyłem się z tym kościołem, z tymi ścianami z drewna, które przetrwały już trzysta lat. Zapamiętałem dobrze to wnętrze tak przejrzyste, tak przestrzenne, w którym Jezus Chrystus od tylu pokoleń mieszkał ze swoim ludem Bożym w parafii niegowickiej. Widownią wielu spotkań z Chrystusem był ten kościół, i całej parafii, i poszczególnych osób, i moich własnych. Wszystko to stanęło w mojej pamięci. Pragnę ci, prastary kościele niegowicki, tutaj, w Mętkowie, życzyć nowej służby, nowych lat i dziesięcioleci, i nowych stuleci. Tego trwania wraz z ludem Bożym przy Chrystusie, tego prowadzenia do Chrystusa wszystkich, którzy do ciebie trafią. Dobrze, żeście wy, drewniane ściany, w bierwona starego kościoła, takie jeszcze krzepkie, takie jeszcze mocne, że możecie podtrzymać nową wspólnotę ludu Bożego na nowym miejscu. To jest nasza ogromna radość. Dobrze, że władze państwowe zrozumiały znaczenie tej sprawy, – i że po latach, ale w końcu udzieliły zezwolenia na przeniesienie kościoła z Niegowici do Mętkowa. A ty, prastara świątynio, służ temu ludowi Bożemu, tak jak służyłaś parafii niegowickiej przez tyle wieków. Przybliżaj Pana Jezusa, przybliżaj Matkę Najświętszą Jasnogórską, przybliżaj św. Józefa. Oby droga wasza była równa i prosta, prowadziła zawsze do Chrystusa, do Maryi, do Józefa – do tej świątyni, która jest wielkim darem dla was na Rok Święty, na Rok Wielkiego Jubileuszu Jezusa Chrystusa.
Ks. Franciszek Skupień pracował w Mętkowie do roku 1977. Zastąpił go ks. Stanisław Konieczny za którego kadencji dnia 3 kwietnia 1982 r. dekretem Jego Eminencji ks. Kardynała Franciszka Macharskiego Ośrodek Duszpasterski w Mętkowie otrzymał osobowość prawną jako Parafia Rzymskokatolicka pw. Matki Boskiej Częstochowskiej. Na mocy tego dekretu pierwszym proboszczem parafii Mętków został mianowany ks. Stanisław Konieczny, który 23 października tegoż roku został przeniesiony na proboszcza do Świątnik Górnych. Wraz z nim opuszcza parafie ks. rezydent Piotr Samolej.
23 października 1982 r. ks. Włodzimierz Kiwerski zostaje mianowany wikariuszem ekonomem w Mętkowie, a 15 stycznia 1983 r. zostaje mianowany proboszczem i pełnił tę funkcję do czasu przejścia na emeryturę dnia 1 lipca 2009 roku.
Ks. Kardynał Stanisław Dziwisz Metropolita Krakowski mianował nowym proboszczem parafii Mętków ks. Marka Guśpiela.